正暦5年（994）、平安京で流行した疫病を鎮めるため疫神を祀り御霊会を行ったのがはじまり。健康長寿・災疫鎮静の社。本社には大己貴命、事代主命、奇稲田姫命、疫神社には素盞嗚尊を祀る。現在の社殿は明治35年（1902）の再建。境内には「阿呆賢さん」と呼ばれる神占石があり、願いを占う人が多い。良縁開運のご利益としても知られる。4月第2日曜のやすらい祭は、当時の疫病鎮静の古い祭を伝承するもので、京の三奇祭のひとつ。