古くから京都の水源を守る神として崇められ、幾度となく雨乞い、雨止め神事が行われてきた。社伝によれば、初代・神武天皇の皇母、玉依姫命が大阪湾から水源をもとめて淀川をさかのぼり、黄船でこの地へたどり着き、水の神を祀ったことにはじまる。現在の本宮社殿は平成17年（2005）の御造営。平安時代の女流歌人・和泉式部が復縁祈願のため参詣し見事に願いが叶えられた事から縁結びの神としても名高い。