天文24年（1555）、玉誉清玉が近江国坂本に創建したのがこの寺の始まりと言われる。本能寺で討たれた信長とその子・信忠の遺骨を清玉が持ち帰り、阿弥陀寺に葬ったそう。信長・信忠親子の墓の他にも森蘭丸の墓などもある。天正13年（1585）に豊臣秀吉の寺町造成に伴い現在地に移転。6月2日の信長忌の当日は、普段は非公開の本堂が開放され、織田信長の木像や寺宝が拝観できる。