寺名は、東方浄瑠璃浄土の主・薬師瑠璃光如来にちなんだもの。梵字の阿字を象ったとされる宝池を中心に、西に本堂（国宝）、東に薬師如来像を祀る三重塔（国宝）が建ち、平安時代の浄土庭園の様子を今に遺す数少ない遺構として、国の特別名勝に指定されている。本堂には九体阿弥陀如来坐像（国宝）が安置され、こちらも当時流行した九体阿弥陀堂のスタイルを今に遺す、唯一の遺構。正月と春秋に公開される吉祥天女像（重文）は、美と幸福の女神として有名。