文亀2年（1502）に能登の畠山義元、周防の大内義興、豊後の大友義親の三氏で創建。創建当初の建物である方丈・唐門・表門は重要文化財。方丈の周囲には、東に4坪の坪庭「東滴壺（とうてきこ）」、南に白砂の中心に楕円形の苔島を配した「一枝坦（いっしだん）」、北には相阿弥の作庭と伝わる苔庭に三尊石組を配した「龍吟庭」という3つの枯山水庭園がある。