慶長6年（1601）、徳川家康が教学のために、足利学校の僧、閑室元佶を招いて伏見に建立し、圓光寺学校としたのが起こり。多くの僧や武士が入学し、書籍の刊行もおこなった。その後、相国寺山内に移り、寛文7年（1667）、現在地に移転した。運慶作と伝わる千手観音像、元佶像をはじめ、円山応挙作の「竹林図屏風」、家康に与えられた出版の木活字などがある。庭園には洛北でもっとも古いとされる栖龍池（せいりゅうち）があり、竹林の中を歩くことができる。裏手にある東照宮からは京都の街を一望できる。秋の紅葉名所としても有名。